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罗氏诊断KAPA EvoPlus Kit助力实现样本打断自动化

更新时间:2022-09-29  |  点击率:658


转自罗氏诊断生命科学公众号

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随着NGS检测的临床有效性不断地被验证,实验室检测的样本量逐渐地增多,实现NGS复杂流程在工作站上自动化是大势所趋。但是,在开放式的工作站上,客户如何实现样本打断自动化,一直没有很好的解决方案。


通常,NGS建库使用的打断方法不外乎下面两种,各有优势又各有缺点。


  • 一种是基于超声波的物理打断方法或称为机械打断。这种方法需要专门的设备和耗材,以Covaris的设备为代表。物理打断有其 优势,比如说样本断点的随机性高,不会有位点的偏好,也不会受样本纯度的影响。然而物理打断的设备和耗材成本很高,并且难以在工作站中整合超声设备实现自动化。通常情况下物理打断法处理一个样本需要平均3-5分钟的时间,因此一旦样本数量变多,它就变成一个操作单一同时又极度耗时的方法。

  • 另一种是基于酶切打断的方法,包括转座子或各种混合水解酶等对DNA进行化学切断。酶切的方法不需要特殊的设备,只需要普通的PCR仪,可以批量的处理样本并轻松在工作站上实现自动化。同时酶切较物理打断的DNA损耗更小,文库转化效率更高,对于一些珍贵的样本,文库构建的 更好。但是,目前的酶切试剂盒存在或多或少的数据偏好性。除此之外,酶切建库试剂盒构建的文库会有一定比例的假阳性嵌合,特别是做一些基因融合检测的应用时会干扰检测结果的判读。


    虽然这些假阳性干扰可以通过数据分析进行过滤,但这对生信人员提出了更高的要求且带来了更多的工作量。同时,酶切对于样本会有比较高的要求,比如样本的纯度(特别是EDTA的含量)和样本的降解程度,都会对酶切的效果产生诸多的影响。这使得实验室对于不同来源或不同类型的样本需要设置不同的SOP。对实验室技术人员和管理人员都造成了一定的困扰。


如何整合物理打断和酶切打断的优势,解决这些实现自动化的障碍?


答案是:

罗氏诊断KAPA EvoPlus Kit上市了!



KAPA EvoPlus 主要解决了以下4个问题:

1

 EDTA敏感性导致的酶切产物大小不稳定性

 

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图1 100ng gDNA,37℃ 25 min 打断,

KAPA UDI接头,8循环扩增

(图片来源:罗氏诊断整理)


对含有不同EDTA浓度缓冲液的DNA进行相同条件的打断和建库,可以看到文库的大小都符合预期。


2

数据假阳性

 

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图2 与物理打断的建库试剂盒(KAPA HyperPrep)进行比较,

可以看到EvoPlus已经将假阳性的比例降至同一水平。

(图片来源:罗氏诊断整理)


 

图3 经内部测试,与国内外市场上同类型酶切建库试剂盒

进行平行比较,Evoplus的假阳性比例 低。

(图片来源:罗氏诊断整理)


3

工作站移液步骤过多,试剂包装对自动化不兼容

KAPA EvoPlus简化了实验流程,减少了移液步骤以降低交叉污染的风险,预混液及96孔板式包装更匹配自动化工作站,另有管式包装可供手动建库用户选择。

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图4 打断、末端修复和加A尾整合成一步反应,预混液包装

无需进行反应体系配制,简化实验操作流程。

(图片来源:罗氏诊断整理)


4

实验流程长,试剂稳定性差,在工作站上难以

长时间存放而无法实现全流程无人值守

KAPA EvoPlus即便是ReadyMix预混液包装,依然能长期稳定保存,试剂盒效期18个月。

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图5 经内部测试,打断试剂在室温5周之后

依然可以保持相当的打断效果。

(图片来源:罗氏诊断整理)

 

*仅用于科学研究,不用于临床诊断。MC-CN-01945有效期至2025年1月26日

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